眾所周知,早期癌癥和晚期癌癥的生存預后相差甚大,在癌癥早期階段發現并及時治療可顯著改善癌癥整體生存預后。近年來,以循環游離DNA(cfDNA)為研究核心的液體活檢技術在癌癥篩查中具有重要作用[1],但在癌癥的早期階段,患者血漿中cfDNA含量較低[2]。因此,開發新的液體活檢指標對于癌癥早篩和預后改善至關重要。
血小板在血液中大量存在且易于分離,除了正常的凝血功能以外,其在炎癥性疾病發生、癌癥進展和轉移中的作用也得到了廣泛的研究,可作為癌癥檢測的可靠生物來源。
既往研究表明,血小板可分離出腫瘤來源的RNA,腫瘤也可以通過改變血小板的RNA譜來誘導血小板,而被腫瘤誘導的血小板(TEP)衍生的RNA譜可能具特異性,或可用來作為局部和轉移性癌癥的輔助診斷方法。
近期,荷蘭阿姆斯特丹癌癥中心和液體活檢中心Thomas Wurdinger和Myron G. Best教授領銜的研究團隊在Cancer Cell上表了一項重要研究成果。他們發現,利用TEP衍生的RNA表達譜可檢測出18種癌癥,相比于健康對照,具有99%的特異性,且對多個階段的腫瘤都具有較高的診斷價值[5]。
圖1. 文章首頁截圖
為精確計算血小板RNA譜診斷癌癥的能力,研究人員通過迭代建模的方法構建了泛癌thromboSeq算法模型,并在此算法上進行優化,以期達到可溯源癌癥原始病灶的能力(圖2)。
研究人員先是對血小板RNA測序后進行嚴格的質量控制,最后從13個機構中納入了2351個人的血小板樣本,包括1628例癌癥患者樣本(涵蓋18種腫瘤)、390例健康人樣本、333例炎性疾病/心血管疾病/良性腫瘤患者樣本,進行后續分析。
圖2. 泛癌算法模型
基于這個算法模型,研究人員想知道是否可以利用TEP衍生RNA譜開發一種可早期特異性檢測癌癥的方法,起到準確診斷癌癥的作用。
于是研究人員對計算模型進行了評估和大樣本驗證,其中使用391例樣本用于模型構建,385例樣本用于模型評估;1575例(包含1096名癌癥患者樣本、146名健康人群樣本及333例非癌癥疾病患者樣本)樣本用于模型驗證。
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當研究人員以這個計算模型進行診斷時,若以健康人群作為對照時,模型組、評估組和驗證組的曲線下面積(AUC值)分別達到了0.91、0.87和0.91(圖3A,B)。血小板RNA譜檢測癌癥的靈敏度可達64%,特異性高達99%,TNM病理分期分期為I-IV期的檢測準確率分別為46%、47%、54%和72%(圖3C)。
然而,當研究人員以非癌癥疾病(炎癥/心血管疾病/良性腫瘤患者的血液樣本)作為對照時,檢測特異性就降低至78%(圖3D)。這說明患者的潛在疾病可能會影響檢測的準確性。
圖3. 血小板RNA譜對診斷腫瘤的準確率
隨后,為檢測構建的計算模型是否具有普遍性,研究人員從驗證組中挑選了兩個代表性機構的患者樣本(樣本貢獻較多的機構13和樣本貢獻較少的機構3)進行了亞組分析,發現這個算法模型對機構13和機構3的各病理分期的癌癥患者檢出率相似(圖4),表明這種泛癌測試模型具有普遍性。
圖4. 血小板RNA譜在不同機構癌癥患者中的檢出率
由此可見,這個基于血小板RNA譜的檢測模型具有很高的診斷效能。但在癌癥早期診斷過程中,如何特異性診斷某一種癌癥,也是一個需要解決的問題。
研究人員通過納入1025例原發腫瘤患者的血液樣本,并根據腫瘤類型進行分組(522例非小細胞肺癌、144例卵巢癌、132例神經膠質瘤、126例胰腺癌及101例頭頸部癌樣本),然后構建“腫瘤來源血小板RNA譜交叉驗證算法模型”,實現對腫瘤原始病灶的溯源。
結果表明,通過“腫瘤來源血小板RNA譜交叉驗證算法模型”診斷神經膠質瘤、頭頸部癌、非小細胞肺癌、卵巢癌及胰腺癌的準確率分別達79%、65%、82%、45%及28%(圖5A,C)。此外,在5個腫瘤類型的每個腫瘤分期檢測中,該算法在晚期腫瘤中檢測的準確性最佳,I-III期準確率為75%,IV期準確率為89%(圖5B)。
圖5. 血小板RNA譜診斷腫瘤來源模型效能
由于血小板分布具有全身性,血小板RNA譜在診斷時不可避免地會遇到一個問題,即轉移到某個器官腫瘤的血小板RNA譜是否與這個器官原發腫瘤的血小板RNA譜有區別?這會直接影響到血小板RNA譜在診斷腫瘤來源中的可靠性。
基于這個問題,研究人員分析了132例膠質瘤患者、93例腦轉移患者、299例轉移性腫瘤患者(由非小細胞肺癌、黑色素瘤、乳腺癌、結直腸癌、食管癌、胰腺癌及腎細胞癌轉移至其他器官,包括轉移至腦部的93例患者)樣本的血小板RNA譜評分,并發現顱內腫瘤與顱外腫瘤的血小板RNA譜具有明顯的區別,而原發性腫瘤伴腦轉移樣本的評分介于兩者之間(圖5)。這表明,對于腦轉移患者而言,血小板RNA譜很有可能會受到受到原發腫瘤和轉移瘤兩方面的影響。
圖6. 腦轉移患者、原發性腦腫瘤和其他部位腫瘤血小板譜的區別
總之,這項研究通過大樣本的癌癥數據發現源于血小板的RNA譜可有效診斷多種癌癥,并實現了對癌癥原始病灶的溯源。這項研究對液體活檢是一個重要的補充,對于癌癥早篩具有很重要的指導意義,至于該方法是否能取代游離循環腫瘤細胞(CTC)成為最有前景的液體活檢技術,還需要更多證據驗證才行。